Détails: Publication : 29 août 2025; Affichages : 987

Diversité génétique du Maine Coon

Depuis 2018, Genoscoper a lancé un nouveau test ADN. En plus des tests réguliers sur HCM1, SMA et PK-def et les traits, ce test fournit quelque chose de très cool: un aperçu de la diversité génétique! Des milliers de gènes sont mesurés, ce qui aboutit à un pourcentage montrant la diversité génétique du chat. Ces informations sont stockées dans une base de données et sont accessibles via mycatdna.com. Vous pouvez tout lire sur ce test ADN dans cet article "MyCatDNA".

Une partie de cette base de données est rendue publique par les propriétaires des chats. Avec les profils publics de Maine Coons, j'ai pu faire un peu de recherche pour créer plus de perspicacité sur cette nouvelle diversité génétique de test (%) et comment elle se rapporte à nos indicateurs conventionnels.

Ce graphique ci-dessous montre la diversité génétique de la race Maine Coon, qui se situe entre 28 et 42%. La diversité génétique moyenne de la race est de 34,5% à ce stade (22-1-2020). Lorsque d'autres Maine Coons seront testés et ajoutés à cette base de données à l'avenir, la moyenne et la bande passante de la diversité génétique peuvent changer. Le graphique est basé sur la population A* (expliquée à la fin de cet article). Vous pouvez voir dans le graphique que la plupart des Maine Coons testés ont un score entre 32 et 39% de diversité génétique. Très peu de Maine Coons marquent dans les zones extérieures. La base de données contient des Maine Coons du monde entier, elle comprend des lignes New Foundation, des lignes de présentation, des outcross et des Maine Coons polydactyles. Une base de données Maine Coon assez diversifiée, qui nous donne une bonne image de la diversité de notre race.

GenDiv

Le Maine Coon a-t-il une diversité génétique saine?

Le Maine Coon est une race naturelle, on pourrait donc s'attendre à ce qu'il soit diversifié. Bien qu'il n'y ait pas beaucoup de nouveaux Maine Coons de la Fondation ajoutés à la race aujourd'hui, la race est toujours considérée comme diversifiée. La diversité dépend des lignées qui sont élevées avec. Certaines lignes sont moins diversifiées que d’autres, c’est pourquoi les tests sont une bonne chose.

Si vous avez un chat moins diversifié maintenant, ne paniquez pas! En utilisant le breedertool dans MyCatDNA, vous pouvez trouver des chats spécifiques qui proviennent de lignées non apparentées et peuvent améliorer la diversité génétique de votre future progéniture. Un chat à faible diversité génétique peut encore être génétiquement d'une grande importance pour la population si les gènes ne sont pas liés à la majorité de la race. Vous pouvez facilement l'améliorer en choisissant le bon partenaire pour les futurs accouplements et faire un saut énorme en seulement une ou quelques générations. Lorsque plus de chats sont ajoutés et mis en public, plus cet outil sera intéressant. Il peut aider un éleveur à améliorer la diversité génétique dans le cadre de son plan de sélection, en plus des indicateurs conventionnels tels que COI% (coefficient de consanguinité total) et Clones%. Il ajoute une nouvelle perspective intéressante d’informations que les éleveurs ne possédaient pas auparavant.

Comparer différentes races de chats

Lorsque vous jetez un coup d'œil à la race Maine Coon par rapport aux autres races de chats, vous pouvez voir qu'elle est assez bien classée au 6e rang (polydactyle) et au 8e rang (non poly). Comme prévu, les races naturelles sont plus diversifiées génétiquement que les races créées par les éleveurs. Notez que cela ne montre que la médiane (moyenne). Chaque race a sa propre bande passante, pour certaines races, la bande passante est vraiment petite et pour d’autres races, elle est très large.

Un chat domestique est-il en meilleure santé qu'un Maine Coon?

Aux Pays-Bas, une pensée commune est qu'une race mixte ou un chat domestique est en meilleure santé qu'un chat généalogique en raison de leur plus grande diversité génétique. Eh bien, la médiane d'un chat domestique est en effet un peu plus élevée que la médiane d'un Maine Coon. La bande passante d'un chat domestique est comprise entre 35-42% (illustrée ci-dessous en orange) et pour un Maine Coon entre 28-42% (illustrée ci-dessous en bleu). MAIS selon les objectifs des éleveurs et les lignées avec lesquelles l'éleveur travaille, il est certainement possible d'élever des Maine Coons qui ont au moins autant de diversité génétique qu'une race mixte ou un chat domestique. Maine Coons qui ont une diversité génétique supérieure à 35% ont atteint ce point. Il est évident qu’un éleveur travaillant avec des chats généalogiques connaît mieux les lignées et la qualité des gènes en termes de santé qu’un éleveur dont le chat est accidentellement tombé enceinte par un chat voisin dont nous ne savons rien. Ce qui peut faire le choix d'un Maine Coon généalogique encore plus sûr qu'un chat domestique dont l'histoire des ancêtres est inconnue et où aucun test de santé n'est effectué.

GenDivMCO

Comment pouvez-vous utiliser la diversité génétique dans votre programme d'élevage?

Quand j'ai appris ce test, ma première question était: Comment la diversité génétique se rapporte-t-elle aux niveaux de consanguinité? Vous vous attendez à voir une plus grande diversité génétique de chats qui ont de faibles niveaux de consanguinité. Mais est-ce vrai pour chaque chat? J'ai dû le découvrir en faisant des recherches sur le profils publics Maine Coon dans mycatdna.com. J'ai regardé les noms de pedigree dans la base de données Pawpedsdatabase afin de trouver des informations sur les niveaux de consanguinité et les clones. Ensuite, j'ai fait les graphiques pour visualiser la corrélation entre les indicateurs que nous utilisons:

COI total %
consanguinité sur 5 générations et 10 générations
les clones

Vous trouverez ci-dessous les résultats pour chaque indicateur et la corrélation avec la diversité génétique. Tous ces graphiques sont basés sur la population B*.

Diversité génétique corrélée à COI%

Voyons comment la diversité génétique se rapporte au coefficient de consanguinité total (COI%). Vous pouvez voir la ligne verte, montrant le COI moyen par rapport à la diversité génétique (%). Par exemple, un Maine Coon qui a une diversité génétique de 39% (ces résultats sont arrondis) a un COI moyen de 5%. Et un Maine Coon avec une diversité génétique de 31% a un COI moyen de 19%.

Le lignes jaunes et bleues afficher la bande passante où le COI% peut être à un niveau individuel. Il montre qu'il y a au moins un Maine Coon qui a une grande diversité génétique de 38% et a également un COI plus élevé que prévu: 15%. La ligne jaune montre également un résultat exceptionnel d'un chat qui a une faible diversité génétique de 30% et a un COI de 0%. Comment cela peut-il se produire? Un chat avec 0% de consanguinité n'existe pas, mais les (nouveaux) chats de la Fondation sont enregistrés en tant que tels, car nous ne connaissons pas leurs parents et leurs niveaux de consanguinité. Cela montre que probablement tous les chats de la New Foundation (COI 0%) ne sont pas génétiquement diversifiés. Mais ce test peut prouver s'ils le sont! Ce chat en particulier a probablement des parents apparentés (COI élevé), mais pourrait encore être très indépendant de la majorité des autres chats et apporter de nouveaux gènes à la population.

Le ligne pointillée noire spectacles Combien de Maine Coons entrent dans la catégorie de la diversité génétique. Les bords extérieurs n’ont pas autant de résultats de test pour tirer des conclusions fiables ici. Mais la tendance (ligne verte) est très visible. En d'autres termes, il existe une corrélation entre le COI et la diversité génétique, mais elle n'est pas aussi prévisible, car il existe des exceptions.

Vous pouvez faire des prédictions générales ici: Un Maine Coon avec un COI de 15% est susceptible d'avoir une diversité génétique inférieure à 35%, mais vous pouvez voir à partir de la ligne bleue que 38% est encore possible. Les Maine Coons qui ont des niveaux de consanguinité plus faibles que 10% auront probablement un niveau de diversité génétique compris entre 36,5 et 40,5%. Dans un pedigree à faible COI% de nos jours, souvent un ou plusieurs chats New Foundation sont responsables des faibles nombres. Mais la diversité génétique dépend du niveau de diversité génétique du chat New Foundation et de l'absence de lien entre ces gènes et les lignées avec lesquelles vous les mélangez. Ce test ajoute de nouvelles informations sur la diversité génétique de cette nouvelle lignée et s'il ajoute effectivement quelque chose de nouveau à la race.

Diversité génétique corrélée à la consanguinité et à la consanguinité

Nous avons donc examiné de plus près les niveaux totaux de COI, mais qu'en est-il des niveaux de consanguinité qui sont plus récents dans le pedigree? J’ai ajouté deux catégories ici. Le niveau de consanguinité en 5 générations, qui montre à quel point les chats ne regardent que les 5 dernières générations. Le deuxième est le lignage qui a été fait au cours des 10 dernières générations, combien d'ancêtres doubles y trouvez-vous? Bien qu'il n'y ait pas beaucoup d'exemples de consanguinité extrême dans la base de données pour en tirer de bonnes conclusions, vous pouvez toujours voir dans le tableau ci-dessous, que pour être du côté supérieur de la diversité génétique, il est sage de maintenir les niveaux de consanguinité des 10 dernières générations de vos futurs accouplements en dessous de 2% (résultats > 34%) ou préférablement en dessous de 1% (résultats > 37%). Cela étant dit, un Maine Coon avec un niveau de consanguinité de 10 générations de 6% peut encore avoir une diversité génétique de 38%. Les chances sont faibles, mais cela arrive. Je suppose que c'était le chat chanceux qui a hérité des parties non apparentées des parents apparentés.

Au cas où vous n’auriez pas déjà réalisé que la consanguinité n’est pas une bonne idée du point de vue de la santé, l’outil d’éleveur vous aide à visualiser les résultats lorsque vous envisagez d’accoupler des chats apparentés.

Exemple 1:

L’accouplement frère-sœur augmente le COI de 25 %. Que se passe-t-il avec la diversité génétique lorsque vous planifiez un tel accouplement (ce qui n'est pas recommandé)? Dans l'outil d'éleveur, vous pouvez faire correspondre le profil de Chelles de Macadamie (diversité génétique de 39,2%) avec son frère Lyon de Macadamie (diversité génétique de 37,8%). (Notez que le frère et la sœur ont une différence de 1,4%, ce qui montre que tous les frères et sœurs n'ont pas la même diversité génétique.) Leurs chatons devraient avoir une diversité génétique d'environ 29,7%. Une diminution de 8,8% de la diversité génétique. Vous ne les obtenez pas beaucoup plus bas que cela! Évidemment une très mauvaise idée.

Exemple 2:

L’accouplement des grands-parents et des petits-enfants augmente le COI de 12,5 %. Nous prenons le profil de Chelles de Macadamie (39,2%) à nouveau et cette fois nous allons sélectionner son grand-père Mirai de So Out Coon (38,5%). Les deux chats ont une très bonne diversité génétique. La diversité génétique attendue de leurs chatons sera d'environ 34,9%. Une diminution de près de 3,95% de la diversité génétique en une seule génération. Il semble un petit nombre et un petit pas, mais ne prenez pas quelques pour cent très à la légère. Il vous emmène directement de l'autre côté du graphique. Souvenez-vous la bande passante de la population de Maine Coon testée n'est que de 14% (entre 28-42%), donc une diminution de 3,95% signifie que vous perdrez 28% de leur diversité génétique en une seule étape!

Relations génétiques

Notez que la base de données mycatdna ne garde aucune trace des relations familiales. La prédiction de la diversité génétique pour la progéniture est purement basée sur la comparaison des génomes. Si la diversité génétique prédite est inférieure à celle des deux parents, cela signifie que leurs génomes sont pour la plupart les mêmes (et ils sont probablement liés).

Sur la carte des relations génétiques des résultats des tests, vous pouvez voir tous les chats de la race et comment ils se regroupent lorsque leurs génomes ont des similitudes. Pensez à ceci: quand vous avez un Maine Coon avec une grande diversité génétique, disons 40%, mais il est montré dans le graphique au milieu de l'amas bleu de points. Cela signifie que vous aurez du mal à trouver une bonne correspondance pour améliorer davantage la diversité génétique, car la plupart des autres chats sont proches du vôtre et partagent la plupart du même ADN. Vous devrez rechercher des lignées dans les zones extérieures pour trouver des correspondances sans rapport, pour continuer une grande diversité génétique pour les générations futures.

Étonnamment, le graphique ci-dessous montre que les poils longs domestiques et les chats mixtes Maine Coon sont tous dans le même groupe jaune. Montrer que leur ADN est différent de la race Maine Coon, mais dans cette catégorie de races mixtes, il n'y a pas beaucoup de diversité du tout.

Notez également que le Polydactyl Maine Coons (points roses) semble être très diversifié. Les polydactyles sont enregistrés comme une race distincte dans Mycatdna et a sa propre médiane de 35,9%, ce qui est 1,4% plus élevé qu'un non-poly Maine Coon (34,5%).

Diversité génétique corrélée aux clones

Comment la diversité génétique est-elle liée aux clones? Nous savons qu'un pourcentage élevé de clones signifie que vous avez beaucoup des mêmes ancêtres (clones et derrière eux le top 5). Lorsque vous ne connaissez pas les clones, s'il vous plaît lire plus à ce sujet dans mon article "L'influence des clones" d'abord.

Regardez le tableau ci-dessous. Lorsque vous reproduisez des chats transversaux en gardant les clones en dessous de 20%, les chats auront très probablement tous une diversité génétique supérieure à 36%. En moyenne, ils sont même supérieurs à 38%. Ce qui est une très bonne nouvelle et une preuve pour chaque éleveur d'outcross, que vous travaillez en effet sur une plus grande diversité génétique avec des lignées d'outcross. Bien sûr, vous le saviez déjà, mais il est bon d'avoir des preuves!

Sachant que le pourcentage moyen de clones est d'environ 35%, ce graphique montre que la majorité de ces chats sont sur le côté gauche du graphique, ayant une diversité génétique inférieure à 35%.

Je pense donc que nous pouvons dire qu'il existe une corrélation entre la diversité génétique et les clones. Ce qui me fascine, c'est la question de savoir pourquoi ces lignes sont plus courbes? Le graphique précédent du COI montrait une ligne plus droite. Je n'ai pas encore trouvé de réponse.

GenDiv vs clones

Diversité génétique par pays

C'est un tableau amusant, mais c'est aussi le tableau le moins fiable de tous. Étant donné que certains pays n’ont que très peu de chats testés, nous ne pouvons pas encore vraiment tirer de conclusions. Ce graphique montre uniquement les pays qui ont un minimum de 3 chats dans la base de données publique. Ce graphique est basé sur la population C*. Le pays où le chat est né (et où se trouve l'éleveur) est le pays où le chat est compté.

La ligne noire montre combien de chats il contient et vous obtenez ainsi une image plus fiable pour les pays qui ont plus de chats testés.

Comme prévu, les Maine Coons avec la plus grande diversité génétique se trouvent aux États-Unis, car les chats de la New Foundation qui apportent de nouveaux gènes viennent tous des États-Unis (ou CA). Mais vous pouvez voir qu'ils ont aussi beaucoup de chats avec une plus faible diversité génétique, ce qui est probablement causé par les éleveurs américains qui importent des chats moins diversifiés de l'étranger.

Vous pouvez également constater que la Suède réussit très bien à maintenir la diversité génétique à un niveau élevé. De tous les pays du côté gauche, la Russie se distingue avec une diversité génétique plus faible de 33% en moyenne. Au cours de mes recherches, j'ai remarqué que la plupart des chats russes qui figurent dans la base de données mycatdna appartiennent maintenant à des éleveurs américains, ce qui réduira probablement la diversité génétique dans leurs programmes d'élevage. Cela peut être vu dans les générations futures testées d'éleveurs américains.

GenDiv par pays

Si vous sortez les pays qui ont moins de 12 chats testés, vous vous retrouvez avec le top 5 des pays qui ont le plus de chats testés dans mycatdna. Ce graphique est basé sur la population D*.

GenDiv par pays top 5

Conclusion

La diversité génétique s'avère être un nouvel indicateur prometteur. Puisque le hasard joue également un rôle dans la façon dont les gènes sont hérités par la progéniture, il est moins prévisible que les indicateurs habituels comme COI, Clones et Top5. Il pourrait être plus difficile de l'intégrer dans votre programme d'élevage. Avec de faibles niveaux de consanguinité, vous visez une plus grande diversité, mais avec ce test, vous saurez réellement la diversité génétique du chat. Ce test est factuel et donc plus fiable que les autres indicateurs, il a donc certainement beaucoup de valeur. Le site mycatdna nous donne la possibilité aux éleveurs de garder une trace de la santé génétique de la race entière.

Bien sûr, nous ne devons pas rester aveugles sur la diversité seule, mais la diversité ne signifie pas nécessairement que le chat a des gènes sains. Vous pourriez toujours vous retrouver avec un chat génétiquement diversifié qui a hérité des mauvais gènes qui gâchent les choses. En outre, les informations génétiques ne doivent jamais remplacer un test HCM/PKD par un écho, un test HD/PL ou d'autres contrôles de santé cliniques effectués par un vétérinaire ou un spécialiste. Ce test ADN n'est qu'une petite partie des tests de santé totaux qu'un éleveur est recommandé de faire pour un Maine Coon.

Mais je dois dire que je suis un fan de ce test et très enthousiaste quant à l'impact positif que l'outil d'élevage peut avoir à l'avenir, surtout quand plus de chats sont ajoutés. Il pourrait être amusant (ou effrayant, selon la direction qu'il prend) de suivre les tendances pour les années à venir.

Population et source

Sur le site web de mycatdna, j’ai pris toute la population de Maine Coons (polydactyle inclus) des chats publics. Il y a beaucoup plus de Maine Coons testés, mais leur profil ne peut pas être vu par moi, donc je ne pouvais travailler qu’avec les chats publics. Le 22 janvier 2020, la population de Maine Coons publics était de 288 résultats de test. De ces chats, j'ai vérifié leur pedigree dans la base de données Pawpeds pour rechercher des informations sur les COI, la consanguinité de 5, 10 générations et les Clones. J'ai trouvé 212 chats dans la base de données Pawpedsdatabase. De ces 212 chats, j'ai également noté leur pays de naissance. Pour les 76 chats qui n'ont pas été trouvés dans Pawpeds, leur profil mycatdna m'a donné des informations sur le pays de naissance.

* Populations utilisées indiquées dans les graphiques de cet article:

Population A: 288 Maine Coons Total public Maine Coon profils sur mycatdna.com au 22-01-2020 (polydactyle inclus)
Population B: 212 Maine Coons Population A moins les 76 chats qui n'ont pas pu être trouvés dans la base de données Pawpeds
Population C: 277 Maine Coons Population A moins les chats nés dans des pays où seulement un ou deux chats sont publiés
Population D: 221 Maine Coons Population A moins les chats nés dans les pays où moins de 12 chats sont publiés